Die enge Beziehung Plüschows zu Mecklenburg beginnt viele Jahre vor seiner Geburt: Sein Großvater Friedrich Carl Eduard (geb. 1808) war ein unehelicher Sohn des Erbgroßherzogs Friedrich-Ludwig von Mecklenburg-Schwerin (1778 - 1819). Gunther Plüschow wird 1886 in München geboren, seine Familie zieht zunächst nach Rom. Ab 1895 wohnen die Plüschows wieder in der Mecklenburg, der Vater übernimmt eine Stelle als Restaurator im Kupferstichkabinett des Schweriner Museums.